14 апреля 2002 года во время Божественной литургии в Никольском храме г. Бузулука Высокопреосвященнейший архиепископ Валентин рукоположил иеродиакона Виталия в иеромонахи. К тому времени духовный авторитет настоятеля Спасо-Преображенской обители возрос и пользовался уважением все большего числа верующих. Вот уже некоторое время действовал приход во втором микрорайоне, там, где в 90-х годах был заложен новый Бузулукский собор во имя Святой Троицы.Закладка собора в тот момент была больше политическим событием, на проектирование и первоначальное строительство были выделены значительные суммы, которых и хватило только на проект и на закладку фундамента. Теперь же едва хватает средств, для того чтобы отстоять фундамент от разрушения.
      После того, как политики, что сами проявили инициативу в возведении собора, теперь уже без громких речей и вспышек фотоаппаратов ушли в сторону, отец Виталий был благословлен заниматься этим приходом. Из старого железнодорожного вагона был устроен храм (до того времени службы проводились в котловане).
      Недалеко от этого места был заложен небольшой храм во имя Преображения Господня, который с Божьей помощью, с помощью благотворителей и добрых людей был возведен. Он украсил этот уголок района типовых и невзрачных пятиэтажек. Прихожане Преображенского храма и составляют главную опору в деле восстановления монастыря.
      17 октября 2003 года в день 150-летней даты официального открытия монастыря в молитвенной комнате воспитательной колонии отцом Виталием была совершена Божественная литургия и благодарственный молебен. За Богослужением пели сестры Тихвинской обители со своей настоятельницей матушкой Феофилактой.
      Строительство храма на пещерах (проект составлялся при участии архитектора Геннадия Чистякова) продолжалось несколько лет. Теперь строители ведут отделочные работы. С 1 июня 2006 года продолжилась практика совершения Крестных ходов к стенам обители. Эту традицию в первые послевоенные годы ввел митрополит Мануил (Лемешевский), а его келейник, десятилетия спустя митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Иоанн(Снычев), живописал в книге, посвященной владыке. В жаркий полдень средь суеты городской жизнии далее за окраинами разносились звуки песнопений, пока крестный ход, пройдя девять километров, не достиг выстроенного храма.
      Людмила Колесова, завуч Иоанно-Богословской православной школы Бузулука, в беседе с журналистами рассказала, как несколько лет назад она вместе со своими учениками приходила сюда на послушание. Тогда здесь рос бурьян и было много мусора, теперь же солнце отражается на куполах и крестах,воздвигнутых в тот день на глазах участников Крестного хода.
      То, что после 1917-го года с таким старанием было разрушено богоборческой властью, постепенно восстанавливается. Ведь не разрушен храм в душах людских, и люди со всей верой надеются, что и бывшие монастырские помещения по праву перейдут к православной церкви.
      В тот же день по благословлению митрополита Оренбургского и Бузулукского Валентина под стенами, которые опутаны колючей проволокой (недалеко от главного въезда в колонию), была заложена часовня во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник». Иеромонах Виталий провел службу и напомнил участникам Крестного хода, что пока существовал монастырь здесь находилась и часовня на источнике, который считался целебным и откуда люди с верою и молитвою черпали воду.
      28 июля 2006 года впервые после 80-летней тишины над окрестностями Атаманской горы вновь раздался колокольный звон. Внутри храма во имя иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радости» стояли строительные леса, не было росписей на стенах. Но люди пришли сюда помолиться и выразить свою радостьпо случаю предстоящего торжества.Пять колоколов работы уральских мастеров были укреплены под куполом храма над пещерами. Обитель - духовное наследие, которое не изучено до сих пор, - обретает вторую жизнь. Необыкновенно чистый и долгий звон услышали десятки верующих, все время, пока устанавливали и закрепляли колокола, пели акафист Пресвятой Богородице и жители поселка ВТК. А после голоса главного колокола радостным трезвоном залились его младшие собратья.
      Официально восстановление церкви на пещерах было завершено 17 мая 2007 года. В тот день по окончании Божественной литургии состоялся Крестный ход с перенесением новой иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радости» (иконописец Наталия Доленко) из храма Спасо-Преображения во 2 микрорайоне в церковь на пещерах. Весь путь икону несли на руках. И далее, когда процессия подошла к воротам колонии, несколько человек внесли ее на историческую территорию монастыря, в здании Казанского собора они пропели молитву Богородице. Теперь образ находится в храмена пещерах, где вечером того же дня прошло Всенощное бдение. 18 мая 2007 года в 8 часов 30 минут утра в этом храме иеромонахом Виталием (Климовым) был совершена первая Божественная литургия.
      Летом 2008 года в поселке ВТК был заложен храм во имя Преподобного Сергия Радонежского.